Weißensee hat eine Pfarrkirche und zwei Filialkirchen. Die Pfarrkirche St. Walburga steht im eigentlichen Ortsteil Weißensee unmittelbar über dem See. Sie ist vom Friedhof umgeben. Ihr Ursprung reicht ins 12. Jahrhundert zurück.

Aus dieser Zeit stammt noch der romanische Unterteil des Turms. Die Kirche ist zuletzt in der Barockzeit umgestaltet worden. Ihr besonderer Schmuck ist der im Jahre 1715 entstandene Choraltar von Dominikus Zimmermann, dem späteren Erbauer der Wieskirche.

Die Filialkirche St. Nikolaus in Oberkirch, etwas versteckt, oberhalb des Weißensee-Westufers gelegen, ist ein Kleinod der Allgäuer Kunst. Der gewölbte Chor zeigt noch alle Merkmale der Gotik des 14. Jahrhunderts. Turm und Schiff wurden im Jahre 1617 frühbarock umgestaltet und nach dem Dreißigjährigen Krieg von Meistern aus Weilheim, Füssen und Vils einheitlich mit Fresken, Altären und Kanzel ausgestattet.